早期生活
（1923年至1942年）
1923年3月10日，一群比利亚雷亚尔球迷创立了当地俱乐部拉科鲁尼亚体育俱乐部（ La ）。5月24日，俱乐部成立了董事会，药剂师何塞·卡杜伊·阿尔梅拉（José ）担任第一任主席，银行职员何塞·马丁内斯·阿吉拉尔（José Martínez ）担任秘书。董事会决定以每月60比塞塔的价格租用球场并向公众售票，票价为成年男性0.5比塞塔，儿童半价，女性免费。球场最初名为Campo del，两年后更名为El El。此外，董事会还共同决定了球队第一套球衣的颜色：白色上衣搭配黑色短裤比利亚雷亚尔 欧冠四强，这一方案一直沿用到1946年。
1923年8月21日，比利亚雷亚尔在新球场进行了第一场比赛，与卡斯特利翁红星队进行了一场友谊赛。比利亚雷亚尔在成立初期一直参加地区性比赛。球队历史上的第一个重要时刻出现在1934-35赛季——在与卡塔赫纳足球俱乐部的比赛后，球队有机会升入乙级联赛。但球队在第一轮以0-5落败，在第二轮以3-1获胜，但无济于事。一年后，比利亚雷亚尔成为地区联赛的冠军，但西班牙内战爆发，所有体育比赛被迫停止。内战结束后，球队开始参加地区乙级联赛。埃尔在内战中遭到严重破坏，球场管理者和市政厅缺乏重建球场的资金。1942年，俱乐部因缺乏合适的场地而被迫解散。
战后
（1942-1970年）
比利亚雷亚尔解散后，当地一个团体创建了一家名为“Atlético”的俱乐部，以创始人的姓名首字母命名。1946 年，Atlético 决定参加 la ón 组织的正式比赛，并将俱乐部名称改为 CAF。1947 年，当时球队主席的儿子马诺洛·比拉诺瓦 ( ) 到瓦伦西亚为俱乐部购买球衣。由于白色球衣已售罄，他购买了一件黄色球衣搭配蓝色裤子。这是球队标志性颜色首次亮相。
1950-51赛季结束后，球队升入地区A联赛，并在西班牙足球球迷锦标赛（espaa de）半决赛中击败巴塞罗那队，在当地足球界引起轰动。1954年6月，球队正式更名为比利亚雷亚尔足球俱乐部，并于1955-56年夺得地区A联赛冠军，升入全国第三级联赛。当时的主教练是阿贝拉多·里科，俱乐部主席是洛伦佐·卡尔达·科尔巴托。
比利亚雷亚尔在西班牙连续五个赛季之后，于1961年重返地区甲级联赛，但在1966-67赛季又回到了西班牙丙级联赛。随后几个赛季，比利亚雷亚尔在丙级联赛站稳了脚跟，并于1970年首次升入西班牙足球乙级联赛。在本赛季西班牙足球甲级联赛的附加赛中，球队前两场一平一负，随后在与毕尔巴鄂竞技队的对决中，两队均在主场以2-1获胜，从而迎来了在圣地亚哥·伯纳乌球场的最后一场比赛，比利亚雷亚尔最终以2-1获胜晋级，取得了历史性的进步。
联盟
（1970-1998 年）
比利亚雷亚尔在西乙联赛的第一个赛季勉强保级，但第二年球队运气就大不如前，跌落到西丙联赛。随后的几年里，比利亚雷亚尔一直在西班牙中下游徘徊。1975-76赛季，球队降级到地区联赛。好在经过这次降级之后，球队在这个赛季重新升入西班牙冰球甲级联赛，并一直在西班牙冰球甲级联赛中一直待到80年代中后期。1986年，埃内斯托·赫罗纳成为比利亚雷亚尔新任主席，在他担任主席的第一个赛季（1986-87赛季），比利亚雷亚尔排在CD Olímpic和CD 之后排名第三，成功升入西乙联赛。此后两年，比利亚雷亚尔一直保持在西乙B组的上游，但在1989-90赛季，降级的厄运降临了。主教练贝尼托·弗洛罗被阿尔巴塞特挖走，球队一些重要球员离队，赛季结束后球队再次降级。
1990-91赛季，在主席帕斯夸尔·冯德莫拉的带领下，球队升入西班牙乙级联赛B组。随后一个赛季，球队以西班牙乙级联赛B组第二名的成绩获得西班牙足球乙级联赛参赛资格，完成“双跳”。1992-93赛季，比利亚雷亚尔开始征战意乙，经过几年的转型，逐渐进入积分榜榜首。
1997年夏天，费尔南多·罗伊格入主比利亚雷亚尔，执掌后的首个赛季球队就创造了历史。费尔南多·罗伊格参加了21个西甲赛季和16场欧洲精英赛UEFA赛事，目前是西甲历史上任职时间最长的俱乐部主席。比利亚雷亚尔在1997-98赛季结束后获得西班牙乙级联赛第四名，并在升级附加赛中获得最后一个名额。球队首轮对阵埃尔·马德里加尔的孔波斯特拉足球俱乐部，双方打平。1998年5月24日，第二轮比赛在孔波斯特拉的圣拉萨罗球场进行，双方1-1战平，阿尔贝托为球队攻入重要一球，比利亚雷亚尔凭借客场进球优势战胜对手，在经历了3/4个世纪的漫长坎坷之后，终于进入了西班牙足球甲级联赛。
强国
（1998-2012年）
1998年8月31日，比利亚雷亚尔迎来了球队历史上的首场西甲比赛，最终在伯纳乌球场以1-4不敌皇家马德里。球队在这个历史性的赛季里表现并不理想，仅位列积分榜第18位，并在保级附加赛后跌回西乙。但在接下来的1999-00赛季，球队夺得了西甲联赛第三名，重返西甲。在西甲联赛的首个赛季，比利亚雷亚尔意外排名第七。然而球队在随后的两个赛季里仅取得第15名的成绩，徘徊在保级边缘。
2003-04赛季，比利亚雷亚尔在国际托托杯决赛中击败荷兰海伦芬，夺得首座欧洲冠军奖杯比利亚雷亚尔 欧冠四强，并首次获得欧洲联盟杯参赛资格。在联盟杯赛场上，球队先后击败特内布宗体育队、莫斯科鱼雷B队、加拉塔萨雷队、罗马队、凯尔特人队挺进半决赛，半决赛两回合均以0-1负于瓦伦西亚队。
2004-05赛季，比利亚雷亚尔积65分位列西甲第三比利亚雷亚尔 欧冠四强，仅次于巴萨和皇马，并取得欧冠资格。这一成就得益于强势签下现象级球员迭戈·弗兰，弗兰在该赛季以25粒进球荣膺欧洲金靴奖。在连续两年夺得国际托托杯冠军后，球队再次参加欧洲联盟杯并闯入8强，但以1-2不敌荷甲球队阿尔克马尔止步8强。比利亚雷亚尔的首次欧冠之旅十分精彩，球队在资格赛中击败埃弗顿，随后又击败曼联，夺得小组赛第一名。淘汰赛中，这支10多年前还在第四级联赛挣扎的球队先后击败格拉斯哥流浪者和国际米兰，挺进欧冠半决赛，但在半决赛两回合比赛中均以0-1不敌阿森纳。
2007-08赛季，比利亚雷亚尔击败巴塞罗那夺得西甲亚军，创造了球队直到2022-23赛季的最佳联赛战绩，并再次获得欧联杯（欧洲联盟杯前身）参赛资格。在曼努埃尔·佩莱格里尼的带领下，球队本赛季还创造了一系列队史纪录，包括主场获胜纪录（24场）、总积分纪录（77分）、主场获胜纪录（12场）和客场进球纪录（30球）。尼哈特·查维奇以18球成为球队最佳射手，贡萨洛·罗德里格斯、迭戈·洛佩斯、迭戈·戈丁和迭戈·洛佩斯回归。
2008-09赛季欧洲冠军联赛，比利亚雷亚尔与卫冕冠军曼联被分在E组，比利亚雷亚尔获得小组第二晋级四分之一决赛。在四分之一决赛第二轮，球队以3-2的总比分2-1战胜帕纳辛奈科斯。在随后的四分之一决赛中，球队再次遇到阿森纳，以两回合总比分1-4被淘汰出局。2010-11赛季欧联杯，比利亚雷亚尔一路淘汰那不勒斯、勒沃库森和特温特挺进半决赛，在半决赛中被最终的冠军波尔图淘汰。队中的朱塞佩·罗西攻入11球，仅次于波尔图的拉达梅尔·法尔考，并荣获银靴奖。
尽管比利亚雷亚尔在欧洲赛场上表现亮眼，但在西甲联赛中却表现不稳定，2011-12赛季，球队在输给马德里竞技后从西甲降级。2012年6月6日，马诺洛·普雷西亚多被任命为球队新任主教练，但当天他突发心脏病去世，博尔哈·巴莱罗、迭戈·洛佩斯、罗西、尼尔马等球星也相继离队。
上升
（2012年至今）
危机过后，比利亚雷亚尔迅速重启。2012-13赛季，随着新主教练马塞利诺的到来，以及佩贝特、乔纳森·佩雷拉、阿基诺、法里诺斯、多拉多等新球员的加盟，球队在西甲联赛中以77分的成绩升入西甲，创下14连胜的纪录。重返西甲后，比利亚雷亚尔在2013-14赛季、2014-15赛季均夺得联赛第六名，并相继获得欧联杯资格。2015-16赛季，比利亚雷亚尔夺得西甲第四名，并成功进入欧冠赛场。2016-17赛季，比利亚雷亚尔位列欧冠第五名。球队在欧冠资格赛两轮比赛中以总比分1-3被摩纳哥淘汰出局。此后3个赛季，比利亚雷亚尔分别排名第5、第14、第5，且在欧联杯赛中未能进入半决赛。
2019-20赛季，比利亚雷亚尔位列西甲第五，获得下赛季欧联杯参赛资格。7月23日，球队选举并任命埃梅里为主教练，双方签订为期3年的合约。2020-21赛季，球队从欧联杯小组赛出线后，先后淘汰萨尔茨堡、基辅迪纳摩、萨格勒布迪纳摩、阿森纳闯入决赛，与曼联展开激烈角逐。莫雷诺进球，卡瓦尼扳平，双方120分钟战成1-1平。莫雷诺成为10年来首位单赛季为比利亚雷亚尔攻入30球的球员。进入点球大战，前10轮双方均无失误。第11轮，德赫亚主罚点球被卢里扑出，比利亚雷亚尔最终以12-11（点球11-10）的比分夺得历史首个欧联杯冠军。同年的欧洲超级杯，比利亚雷亚尔6-7（常规时间1-1）不敌切尔西，遗憾屈居亚军。
2021-22赛季，比利亚雷亚尔在欧冠1/4决赛中客场3-0战胜尤文图斯，挺进8强。1/4决赛中2-1淘汰拜仁进入半决赛，但在半决赛两回合中2-5不敌利物浦，追平了球队欧冠最佳战绩。球队本赛季位列西甲第七，只能参加欧联杯。
2022-23赛季，塞蒂恩接手比利亚雷亚尔，执教前四场比赛，球队未尝胜绩，遭遇三连败，但此后却连赢六场，球队最终以19胜7平12负积64分排名西甲第五。欧联杯赛场，比利亚雷亚尔闯入16强，但总比分1-2不敌安德烈·莱希特。
2023年6月，比利亚雷亚尔官方宣布激活中场特拉茨的买断条款，双方签约至2026年。9月9日，比利亚雷亚尔官方宣布，55岁的西班牙名帅帕切塔出任一线队主教练，任期至本赛季结束。12月18日，西甲联赛第17轮，比利亚雷亚尔1-4不敌皇马。
2024年1月28日，西甲联赛第22轮，比利亚补时梅开二度，巴萨主场3-5不敌比利亚雷亚尔。
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