2001年7月，因扎吉从尤文图斯转会至AC米兰，转会费为4100万欧元。 2001-2002赛季，因扎吉代表AC米兰在各项赛事中出场28次，打进16球并提供4次助攻。 2003-2004赛季，由于伤病17 18赛季意甲直播，因扎吉代表AC米兰在各项赛事中出场28次17 18赛季意甲直播，打进7球，并帮助球队夺得了当赛季的意甲冠军和欧洲超级杯冠军。 2004-2005赛季，因扎吉因脚踝手术只代表AC米兰出场15次，打进1球。 2005-2006赛季，因扎吉代表AC米兰在各项赛事中出场31次，打进17球。
2006-2007赛季，因扎吉代表AC米兰在各项赛事中出场37次，打进11球。 2007-2008赛季，因扎吉代表AC米兰在各项赛事中出场29次，打进18球。 2009-2010赛季，因扎吉代表AC米兰在各项赛事中出场33次，打进5球。 2010-2011赛季，因扎吉代表AC米兰在各项赛事中出场9次，打进4球，帮助球队夺得意甲冠军。 2011-12赛季，因扎吉代表AC米兰在各项赛事中出场10次，打进1球。 此后，39岁的因扎吉通过AC米兰足球俱乐部官网宣布退役。
加利亚尼在谈到因扎吉选择加盟AC米兰时说道：“当时尤文图斯希望我们能够增加1000万欧元的报价，是因扎吉放弃了自己的利益，选择了加盟AC米兰。”收入减少了1000万欧元，这比他之前在尤文赚的少了。不过他在米兰的表现也很不错，在米兰期间，他赢得了世界杯、世俱杯和欧冠冠军，这是一个“对球员来说是一个伟大的补充。这是一个巨大的荣誉。意甲有很多技术出色的球员17 18赛季意甲直播，但没有人能拥有因扎吉的进球能力。他是一名非常优秀的球员。”
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